张阁老伏诛之后，太后开始了大规模的朝堂清洗。
她以雷霆手段，将张阁老的党羽全部清除出朝堂。这份名单她早就准备好了，上面密密麻麻地记录了上百个名字，每一个都是张阁老的人，每一个都参与过张阁老的阴谋。这些年来，她一直在暗中搜集证据，等的就是这一天。
第一天，刑部和大理寺的官员被清洗了一半。这些人负责司法审判，张阁老在位时，他们帮助张阁老罗织罪名，陷害忠良。太后下令，凡是参与过冤案审理的，一律罢官免职，永不录用。情节严重的，流放三千里。
第二天，户部的官员被清洗了三分之一。这些人帮助张阁老贪污受贿，挪用公款。太后下令，凡是贪污超过一千两银子的，一律抄家充公。贪污超过一万两的，斩立决。户部侍郎周文斌被抄家时，官兵从他家里搜出了白银八十万两，黄金五万两，各种珍宝古玩不计其数，装了满满三十辆马车。太后看到清单后，冷笑了一声：“这个周文斌，比张阁老还能捞。”
第三天，吏部和礼部的官员也被清洗了一批。这些人帮助张阁老卖官鬻爵，操纵科举。太后下令，凡是参与过卖官鬻爵的，一律革职查办。凡是科举舞弊的，主犯斩首，从犯流放。
第四天，兵部和工部的官员也没有幸免。这些人吃空饷、克扣军饷、偷工减料，中饱私囊。太后下令，凡是克扣军饷超过一千两的，斩立决。凡是工程偷工减料造成损失的，加倍赔偿，流放边疆。
五天之内，朝堂上空缺了大量职位，许多衙门都出现了人手不足的情况。有的部门只剩下了几个小吏在撑着，连个主事的官员都没有。奏章堆成了山，没人批阅；案件积压成堆，没人审理。整个朝廷的运转几乎陷入了瘫痪。
太后没有急于填补这些空缺，而是借此机会，对朝堂的体制进行了一番改革。她裁撤了一些冗余的衙门，比如那些只拿俸禄不干事的清水衙门，合并了一些职能重叠的部门，比如把盐铁司和度支司合并为财政司，统一管理国家的财政收入和支出。
同时，她提拔了一批年轻有为的官员。这些官员大多出身寒门，没有背景，没有靠山，全靠自己的能力一步步爬上来的。他们没有世家大族的牵绊，没有盘根错节的关系网，对太后感恩戴德，忠心耿耿。他们成为了太后推行新政的中坚力量，也是太后在朝堂上的耳目和手足。
其中有一个叫杨文昭的年轻人，年仅二十五岁，出身贫寒，父母早亡，靠着给人抄书赚取学费，硬是考中了进士。他在翰林院当了三
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